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盘口分析

vectornti软件安装说明

程序安装结束后会在安装目录下生成两个文件夹，invitrigen和vectorNTI。将补丁文件拷贝到invitrigen文件夹下面，运行补丁程序。

vectornti软件教程

一、VectorNTI

作为VectorNTISuite的核心组成部分，它可以在各种分子生物学研究项目的全过程中提供数据组织、编辑和分析支持。

（一）对分子序列的操作

我们以一个DNA序列为例，进行一系列的常规分析；最后将此DNA序列翻译成氨基酸序列，并对此氨基酸序列进行各种分析。

A，DNA序列为猪生长激素的cDNA序列，长为761bp。首先使用VectorNTI的CreateNew命

令将此序列导入到VectorNTI的数据库中：

1，第一种方法：如果只知道序列时，点击Molecule才菜单中的CreateNew——UsingSequenceEditor（DNA/RNA……）；

2，在出现的“NewDNA/RNAMolecule”对话框中，首先在General填入导入序列的名称——PGH；

3，在DNA/RNAMolecule活页中，选中LinearDNA，Animal/otherEukaryotes，RepliconType中选Chromosome；

4，Description中填入：S.ScrofaGrowthhormonemRNA;

5，在SequenceandMaps中点击“EditSequence”按钮，将DNA序列复制后，点“Paste”按钮-点“OK”－确认后就可以完成序列导入。

B，如果是一个从GenBank上下载的序列文件，则：点击“Molecule”菜单-Open-Moleculefiles命令，找到序列文件，在Fileformat中选中GenBankFiles；点击OK。

（二）常规操作：

当序列导入完成后，在桌面出现三个窗口，上左侧的窗口中显示的是该序列的常规信息，上右侧窗口则以图形的格式展示序列的特征区及酶切图谱等。下面一个窗口显示的是序列：默认状态下以双链形式出现，也可以更改为单链显示。

1．选择序列区域：在图形区域或序列区域直接拖动鼠标左键，同时在最下端的状态栏中显示

出所选区域的范围。

2．删除：选中后直接点击键盘上的Delete键，确认后即可删除。

3．选中序列片段后，点击Edit菜单，用其中的命令可以完成对此片段的剪切、复制、删除、定义为新的特征区和用其它序列来代替等。

4．当点在其一特定位置时，我们也可以在此位置插入新的序列：Edit–New–InsertSequenceas

5．当希望序列显示单链时，点击View–ShowBothStrands

（三）常规分析：

1．设计PCRSequencePrimer,Hybridization,Probes：

选中设计引物的模板区或点击Analyze中的相应命令即可。

需要注意的是，在设计前，首先得将序列存入数据库中，具体设计由于我们推荐使用Oligo，所

以此处不详述。

2．序列基本信息分析：

选中序列区段后，选Analyze–OligoAnalysis,在OligoAnalysis对话框中，点击Analyze按钮，即可得到分子量、GC含量、Tm值、3‘端的自由能、回文结构及重复序列等基本信息。

3．酶切图谱分析

点击Analyze菜单中RestrictionSites命令，出现“RestrictionMapSetup”对话框，点击Add按钮，填入需要分析的位点，不需要的位点夜可以选中后点Remove按钮移除。为了显示正确，我们可以设定超过一定位点数量的酶不显示，可以限定分析的区域等。点击OK后程序自动完成酶切分析。

4．Motif查找

点击Analyze菜单中的Motifs命令，在出现的MotifsSetup对话框中我们可以添加新的Oligo或从OligoDatabase和OligoList中选取；选中后点击OK按钮，程序完成Motif的查找，同时给出相似性的百分比。

5．ORF查找

点击Analyze菜单中的ORF命令，在出现的ORFSetup对话框中，填入ORF的最小长度（多少个密码子）以及其它一些设定后点击OK，程序自动完成ORF的查找。

6．翻译

翻译前选中一个ORF或一个区域，这里我们希望把pGHcDNA基因完全翻译成蛋白质，因此选中最长的一个ORF（7－657bp）。点击Analyze菜单中的Translate命令中的“IntoNewProtein”-“DirectStrand”,在出现的“NewProteinMolecule”对话框中给出新蛋白质的名称后点击确定，程序完成翻译并打开一个新的窗口，显示氨基酸序列。

7．反翻译

选中氨基酸序列片断，点击Analyze菜单中的BackTranslate命令，确认是“整个序列”还是“仅为选中的序列”后，即可设定简并度及组织特异性来完成反翻译。

（三）模拟电泳：

模拟电泳是指对DNA片段进行酶切分析后，通过电脑模拟电泳过程，将酶切片段分离。该功能

有利于评估电泳时间，便于验证实际电泳结果的好坏。

1．点击Gel菜单–CreateNew命令：出现GelSetup对话框，首先选择电泳介质的类型－“AgaroseGel”，以及胶的浓度、电压、胶长和Buffer种类。

2．点击OK后即打开一个电泳界面，左侧是对电泳情况的描述，右侧则为胶板。

3．首先配置一个Marker：点Gel菜单–CreateGelMarker,出现NewGelMarker对话框,首先输入Marker的名称：pGH-Marker，在GelMarker活页中输入自己设定的片段，100，200，300，400，500，600，1000bp,点击确定。

4．样品制备：点Gel菜单–CreateGelSample命令出现CreateGelSample对话框，选择来源分子SSPGH，选中AvaI和SmaI两个酶，输入Sample的名称SSPGH-AS。此时我们可以把酶切的片段直接加入到胶上，也可以加入到样品列表中或保存为Marker，我们点击AddtoGel，则在胶上出现1号样品。

5．点Marker到胶中：点击第二行工具栏中的AddMarkerLane图标，出现ChooseDatabaseGelMarker对话框，选中pGH-Marker，点击OK，则Marker出现在2道

6．电泳：用鼠标点击右侧窗口激活胶板，点击第二栏工具栏中的双箭头，开始电泳，同时在旁边显示电泳时间，再次点击双箭头，电泳停止。

7．计算两条带分开时间：选中没有分开的条带，点工具栏中的计算器CalculateSeperationTime，即可得到所需信息。

8．导出胶图：激活胶板，点击工具栏中的Camera工具,出现Camera对话框,选中需要导出的选项，结果可以到剪贴板，也可以保存成文件。到剪贴板后就可以在Word等文档编辑器中粘贴。

vectornti是一款非常专业的软件，对各类生物元素分析，在序列对比、蛋白质研究、基因分析等方面也是可以使用的，通过掌控数据参数的方式让分子不断进化，从而对未来的生物数据进行预测和判断分析。

vectornti软件功能

对齐显示设置——ConsensusCalculationTab

一致性序列是一个理论上有代表性的核苷酸序列，其中每个核苷酸代表在同一位点上在同一位点上经常看到的残基，或由其他标准选择。“对齐设置”对话框中的“一致性计算”选项卡指定如何以对齐方式计算对齐窗格中作为底部序列的一致序列。

模拟电泳

模拟电泳是指对DNA片段进行酶切分析后，通过电脑模拟电泳过程，将酶切片段分离。该功能有利于评估电泳时间，便于验证实际电泳结果的好坏。

分析GenomBench

genombench是VectorNTI提前的基因组项目的主力。genombench可以容纳一个碱基的基因组片段，可以检索从兼容的系统兼容的服务器上的数据，例如UCSC和Ensembl。它提供了浏览和查询这些网站使用关键词，界面两侧标记，BLAT(UCSC数据库)或SSAHA(的)。genombench还提供以下先进的搜索和分析工具，它是运行在分析监控

以点击作为特征输出查询分子

当您导出查询显示为特征的分子打成。GFF文件，使用点击功能GFF文件命令导出查询分子保存。GFF文件到外部位置(硬盘、软盘、网络等)。你可以打开一个。在一个VectorNTI分子视窗GFF文件并将其保存到VectorNTI数据库，如果需要的话。。GFF文件提供一个共享查询爆破方法打信息与其他VectorNTI用户分子格式。

对分子序列的操作

我们以一个DNA序列为例，进行一系列的常规分析;最后将此DNA序列翻译成氨基酸序列，并对此氨基酸序列进行各种分析。